Fimagri nasce come organizzazione di produttori ortofrutticoli nella primavera del 2004 su iniziativa di un gruppo di coltivatori pugliesi che dopo aver condiviso esperienze e progetti, ha deciso di partecipare direttamente alla valorizzazione dei prodotti della terra. Nell'estesa zona del Tavoliere delle Puglie, da anni vocata alla produzione di ortaggi, Fimagri riunisce in una unica struttura, aziende agricole ubicate dalla piana del Nord Gargano tra i laghi di Lesina e Varano, per spostarsi via via verso il centro della Pianura Dauna, fino a giungere ai terreni collinari situati ai confini tra la Puglia e la Basilicata.