Il Collegio Sant'Isidoro fa parte della Provincia Francescana d'Irlanda, la Provincia Irlandese dell'Ordine dei Frati Minori. Oggi, in accordo con la provincia irlandese, il collegio è sotto la giurisdizione diretta del Ministro Generale, che vi ha trasferito tutta la comunità e le attività del Collegio di San Bonaventura di Grottaferrata(Roma). La presenza francescana irlandese sarà assicurata per quanto possibile. Gli edifici del collegio in parte sono stati restaurati per accogliere questi cambiamenti; in particolare degli spazi appositi sono stati creati per la sistemazione di una seconda biblioteca. La nuova comunità si è insediata nel novembre del 2008, e oggi è formata da tredici frati provenienti dai seguenti paesi: Irlanda, Italia, Germania, Svizzera, Polonia e Madagascar. Le attività principali della comunità sono la ricerca e la pubblicazione scientifica, e la cura di due grandi biblioteche di ricerca.