La Traghetti Delle Isole nasce nel 1969 dalla lungimiranza di un gruppo di imprenditori, quale società leader nel trasporto di merci su gomma collegando Milazzo con le isole Eolie. Nel 1973, inizia la linea sulla tratta Trapani-isole Egadi giornaliera e settimanale sulla tratta Trapani - Ustica con particolare attenzione al trasporto di merci pericolose. Nel 2004 viene acquistata il M/T passeggeri Zeus che viene utilizzato sulla tratta Trapani-Isole Egadi. Nel 2006 viene acquistato il M/T "Cossyra che verrà impegnato sulla tratta Trapani - Pantelleria. Nel luglio 2007 la Traghetti Delle Isole si aggiudica il bando di gara indetto dalla Regione Sicilia per i collegamenti da: Trapani - isole Egadi(a mezzo del mototraghetto ZEUS), Trapani - Pantelleria(a mezzo del mototraghetto Cossyra) per il trasporto di passeggeri, merci, merci pericolose per il quinquennio 2007-2012. Nel 2015 viene acquistato il Mototraghetto "AF Michela" che viene battezzato Mototraghetto "Lampedusa" che verrà impegnato sulla tratta Porto Empedocle - Isole Pelagie. Nel Dicembre 2015 Traghetti Delle Isole spa. si aggiudica il bando di gara indetto dalla Regione Siciliana per i collegamenti da: Trapani - Isola di Pantelleria Porto Empedocle - Isole Pelagie per il trasporto di passeggeri - merci - merci pericolose per il quinquennio 2016-2020.