1538 wurde die St.-Michaelis-Kirche der Wendenvorstadt zur Begräbniskirche und ihr Friedhof zum Gottesacker der Stadt. Das Kirchenschiff wurde 1550 gebaut, 1551 wurde der Bau der katholischen Kirche am Michaelistag beendet und die Kirche eingeweiht.
1684 wurde ein Feuer gelegt, dem 180 Wohnhäuser, das Rathaus, beide Kirchen, die Schule und das Pfarrhaus am 18. Juli zum Opfer fielen.
Auch die alte St.-Michaelis-Kirche brannte und wurde später abgetragen.
Die Kirche wurde 1689 in ihrer jetzigen Gestalt durch Anton Mylius (erster Superintendent) wieder eingeweiht. Aber schon am 24. Oktober 1690 stand der Kirchturm schief.
Die Kirche erhielt 1700–1724 eine barocke Pfeifenorgel des Orgelbauers Peter Heroldt aus Apolda.
Kirchendecke und