1160 schenkte Markgraf Albrecht der Bär die Festung Werben an den Johanniterorden.
Die Johanniter errichteten in Werben ihre norddeutsche Komturei, von der noch die romanische Lambertikapelle erhalten ist.
Ende des 12.Jahrhunderts entstand eine romanische Basilika, von der nur noch Reste (die unteren 5 Geschosse des Turms) erhalten sind.
Die jetzige Kirche wurde von den Johannitern in zwei Bauabschnitten im 15. Jahrhundert gebaut. 1466 wurde der Bau vollendet.
Die Kirche repräsentiert in ihrer Architektur die norddeutsche und insbesondere die altmärkische Bautradition.
St. Johannis ist eine hochgotische dreischiffige Hallenkirche mit einem Chorraum und Anbauten: der nördlichen Taufkapelle und der südlichen Ottilienkapelle sowie de