La Universidad Santa Paula ha asumido como misión formar y actualizar profesionales en ciencias de la salud por lo que actualmente ofrece Maestrías en la Áreas de Estimulación Temprana (única en el Mundo),Terapia Física con Mención en Rehabilitación Deportiva (única en Latinoamérica), Terapia Física con Mención en Rehabilitación Neurológica (única en Latinoamérica), Cuidados Paliativos (primera en Costa Rica) y Rehabilitación Funcional de la Persona Adulta Mayor (única en Latinoamérica)