Das Kloster erstreckte sich über das Gelände des heutigen Pfarrgartens., des Edelhofes und des AWO Senioren Zentrums bis zur Stadtmauer. Ein Zeuge dieser Zeit ist neben der Kirche noch das kleine „Abtshäuschen" im Pfarrgarten, ein Rest des Kreuzganges.
Im 14. Jh. veranlasste Graf Günther II. nach dem Klosterbrand die Wiederherstellung der Kirche. Bis zum Tode des letzten Barbyer Grafen im Jahr 1659 diente sie als Schloss- und Begräbniskirche. Grabplastiken an den Wänden stellen jene dar, die in der Kirche ihre letzte Ruhestätte fanden.
Namenspatron der Kirche ist Johannes der Täufer. Er war ein jüdischer Bußprediger, der Jesus von Nazareth im Jordan taufte und von Herodes Antipas enthauptet wurde. Seine bildliche Darstellung