Der Apostel Jakobus gab der Kirche bis 1539 seinen Namen. Nach der Reformation wird er nicht mehr erwähnt. Wiederentdeckt durch wissenschaftliche Publikationen in den 1930er Jahren taucht er wieder auf und erinnert seit den 1980er Jahren durch Anbringung einer Informationstafel am Eingang der Kirche. Der Stadtrat nutzte den Heiligen Jakobus spätestens seit 1403 im Siegel. 1539 ging das Patronat der Kirche vom Dompropst zu Naumburg an den Landesherren über. Die Kirchgemeinde führt Jakobus seit 1992 im Siegel.
Mehrfach ist die Kirche Bränden zum Opfer gefallen. Nach einem großen Brand 1717 wurde sie in der heutigen Form wiederaufgebaut. Das Hallenlanghaus mit flacher Holztonne liegt in West-Ost-Richtung und stammt ursprünglich aus dem